環境保護許可管理資訊系統(EMS)，陸續於100年導入電子憑證（工商憑證或自然人憑證）登入EMS，101年起陸續提供各縣市以電子憑證進行電子簽章方式提送環保許可申請，現全國事業單位繳費則提供電子付費（即信用卡、晶片金融卡、金融帳戶）之網路繳費方式繳納許可審查費或證書費，現階段已完成環保許可電子化申請作業服務，有別於原本之作業方式，提供另一安全便捷且多元之申請服務，請各事業單位多多利用。